GPI di Papua lahir 25 Mei 1985 dari hasil penginjilan beberapa badan zending, seperti: NZG (1797), UZV (1860), perkumpulan Biji Sesawi dan Ora et Labora (1930), GPM (1935) dan ZPM (1936). Setelah berdiri dan berkembang, GPI Papua ini terdaftar di Ditjen Bimas Kristen tahun 1989 dan didaftar ulang tanggal 2 Februari 2009. Pengurus awal gereja ini adalah Pdt. Meritus Y.Kabes (Ketua), Pdt.J.C.Tanamal, SmTh (Sekretaris).
Statistik
Jumlah gereja: 400 gereja
Jumlah Pos Kebaktian: 230 pos
Jumlah kelompok kebaktian: 34 kelompok
Jumlah jemaat: 230 jemaat
Jumlah anggota jemaat: 250.000 jiwa
Jumlah pendeta: 312 orang
Jumlah Calon Pendeta: 46 orang
Jumlah pelayan lainnya: 1200 orang ( guru agama paruh waktu, guru agama, diakonet dan misionaris)