Harun kromosom-Y (bahasa Inggris: Y-chromosomal Aaron) adalah nama yang diberikan untuk hipotesis bahwa most recent common ancestor ("nenek moyang umum paling baru") dari golongan imam Yahudi yang diturunkan dari garis ayah, dikenal sebagai Kohanim (singular "Kohen", "Cohen", atau Kohane). Dalam Taurat, nenek moyang ini diidentifikasi sebagai Harun, abang Musa. Jadi, most recent common ancestor mereka disebut "Harun kromosom-Y", menurut analogi dengan Adam kromosom-Y.
Principal components analysis scatterplot Y-STR haplotypes dari Haplogroup J, dihitung menggunakan 6 STR. Dengan hanya 6 penanda Y-STR, tidak mungkin untuk membedakan berbagai subgrup Hg J.Principal components analysis scatterplot Y-STR haplotypes dari Haplogroup J, dihitung menggunakan 37 STR. Dengan 37 penanda Y-STR, jelas dapat membedakan kelompok-kelompok STR, cocok dengan subgrup J1, J2 dan J2b. Haplotypes sering dikaitkan dengan silsilah Cohen dalam setiap grup ditandai masing-masing dengan J1 C37 dan J2 C37.
Riset ilmiah aslinya didasarkan pada penemuan bahwa mayoritas imam (kohanim) Yahudi sekarang ini berbagi atau hanya satu langkah terpisah dari suatu pola nilai 6 penanda Y-STR, yang disebut Cohen Modal Haplotype (CMH) oleh para peneliti. Namun, jelas bahwa enam pola penanda ini tersebar di berbagai komunitas di mana para pria mempunyai kromosom-Y yang tergolong Haplogroup J; enam penanda CMH tidak hanya khusus untuk golongan Cohen, maupun hanya untuk orang Yahudi.
Riset paling akhir, menggunakan lebih banyak penanda Y-STR untuk memperoleh resolusi lebih tinggi tanda-tanda genetik spesifik, mengindikasikan bahwa sekitar setengah Kohanim Yahudi saat ini, yang berbagi Y-chromosomal haplogroup J1c3 (juga disebut J-P58), tampaknya berkerabat dekat. Kira-kira 15% Kohanim termasuk grup kedua yang berbeda, berbagi garis silsilah yang erat tetapi berbeda. Kelompok kedua ini tergolong haplogroup J2a (J-M410). Sejumlah grup keturunan kecil lain juga diamati.
Kelompok Cohen J1-P58 dan J2a bercampur jika yang dites berasal dari golongan Yahudi Sephardi dan Ashkenazi.
