Raja Juli Antoni merupakan putra dari Raja Ramli Ibrahim, tokoh masyarakat Riau asal Lubuk Jambi yang pernah menjabat Wakil Ketua Pimpinan Wilayah (PW) Muhammadiyah Riau.[3][4]
Raja merupakan alumni Pondok Pesantren Darul Arqam Muhammadiyah, Garut, Jawa Barat.[5]
Ia meraih gelar sarjana Ilmu Al-Qur'an dan Tafsir dari IAIN Syarif Hidayatullah (UIN Jakarta) pada tahun 2001 dengan skripsi berjudul Ayat-ayat Jihad: Studi Kritis terhadap Penafsiran Jihad sebagai Perang Suci.[6][7]
Ia kemudian menempuh pendidikan master di The Department of Peace Studies, Universitas Bradford, Inggris, setelah mendapatkan beasiswaChevening Award pada tahun 2004, dan menyelesaikannya dengan tesis yang berjudul The Conflict in Aceh: Searching for A Peaceful Conflict Resolution Process.[6]
Dengan beasiswa dari Australian Development Scholarship (ADS) pada tahun 2010, Raja meneruskan studi doktoral di School of Political Science and International Studies pada Universitas Queensland, Australia. Ia berhasil mendapatkan gelar Ph.D dengan disertasi berjudul Religious Peacebuilders: The Role of Religion in Peacebuilding in Conflict Torn Society in Southeast Asia, dengan mengambil studi kasus Mindanao (Filipina Selatan) dan Maluku (Indonesia).[6]
Dia menjadi Direktur eksekutif The Indonesian Institute (TII). Dia juga cukup aktif menulis opini dan ditayangkan pada beberapa media nasional Tanah Air.[8]
Ia sempat menjadi calon Ketua Umum PP Muhammadiyah periode 2015–2020, tetapi kemudian mengundurkan diri karena ingin berkonsentrasi sebagai Sekretaris Jenderal Partai Solidaritas Indonesia (PSI) yang baru didirikannya bersama beberapa politikus muda lainnya.[9][10][12][13]