Awalnya stasiun ini menggunakan sistem persinyalan mekanik dan hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 1 eksisting merupakan sepur lurus. Setelah jalur ganda ruas Babat-Kandangan resmi dioperasikan mulai awal Mei 2014,[3] terdapat masing-masing satu jalur lurus dan jalur belok baru di sisi utara stasiun sehingga jumlah jalurnya bertambah menjadi empat. Jalur 2 eksisting diubah menjadi jalur 4, jalur 1 eksisting diubah menjadi jalur 3 yang baru sebagai sepur lurus untuk arah Surabaya saja, jalur lurus baru tersebut menjadi jalur 2 yang baru sebagai sepur lurus untuk arah Semarang, dan jalur belok baru tersebut menjadi jalur 1 yang baru. Bangunan lama stasiun ini dibongkar karena terkena pembangunan dua jalur baru tersebut sehingga digantikan dengan bangunan baru berukuran lebih besar yang posisinya semakin mendekati jalan raya. Selain itu, sistem persinyalannya telah diganti dengan sistem persinyalan elektrik.
Sejak 1 April 2015, tidak ada kereta api yang berhenti di stasiun ini, kecuali jika terjadi penyusulan antarkereta api.
Galeri
Bangunan lama Stasiun Gembong, dipotret sekitar tahun 2009
Referensi
^Subdit Jalan Rel dan Jembatan (2004). Buku Jarak Antarstasiun dan Perhentian. Bandung: PT Kereta Api (Persero).