Universitas Giessen berdiri pada tanggal 19 Mei1607 sebagai universitas Protestan yang bercorak Lutheran. Sebagai universitas keagamaan, ia memiliki empat fakultas: Teologi, Hukum, Pengobatan (Kedokteran dan Farmasi), dan Filsafat (mencakup ilmu-ilmu alamiah dan rohani). Sampai abad ke-18 universitas ini lebih bersifat lokal, bahkan pernah ditutup selama sekitar 25 tahun akibat Perang 30 Tahun dan baru dibuka kembali pada tahun 1650.
Perang Dunia I dan II benar-benar menjatuhkan pamor universitas ini. Pada tahun 1931 kaum nasionalis-sosialis mendominasi perwakilan mahasiswa. Akhirnya, pengeboman kota Giessen pada bulan Desember 1944 meruntuhkan banyak fasilitas dan memaksa universitas menjadi tidak berfungsi.
Pada tahun 1946 kegiatan perkuliahan dimulai kembali di bawah nama Justus-Liebig-Hochschule, dengan inti kegiatan pada bidang Kedokteran Hewan dan Pertanian. Bidang Kedokteran mulai diaktifkan pada tahun 1950. Baru pada tahun 1957 status universitas dipulihkan kembali.
Universitätsklinikum Gießen und Marburg ("Rumah Sakit Universitas Giessen dan Marburg")
Jumlah mahasiswa pada tahun 2005 mencapai 21.600, yang bersama-sama dengan Universitas Teknologi Mittelhessen (Politeknik Giessen-Friedberg) menjadikan kota Giessen sebagai kota dengan kepadatan mahasiswa terbanyak se-Jerman. Keadaan ini menjadikan Giessen menyebut dirinya sebagai "kota universitas".
Pada tahun 2005, Universitas Giessen, Universitas Marburg, dan Universitas Teknologi Mittelhessen menjalin kerja sama untuk memungkinkan kuliah silang terbatas bagi mahasiswa di ketiga perguruan tinggi yang saling bertetangga itu.
Pada semester musim dingin 2014/2015, populasi mahasiswanya melampaui angka lebih dari total 28.000 siswa, dan 7.000 mahasiswa semester pertama untuk pertama kalinya. Pada tahun 2019 hingga 2021, jumlah mahasiswanya sekitar 28.300, turun menjadi 27.400 mahasiswa pada musim dingin 2021/2022 (kemungkinan akibat pembatasan COVID-19).
Fakultas-fakultas
Saat ini Universitas Giessen memiliki 11 fakultas (Fachbereich, FB), yang mencakup semua bidang ilmu, kecuali ilmu-ilmu keteknikan:
Universitas ini memiliki klinik sendiri, namun sejak 2005 klinik ini digabung dengan klinik milik Universitas Marburg dan dijual hak pengelolaannya ke pihak swasta oleh pemerintah negara bagian Hessen sebagai pemiliknya.
