Pada tanggal 5 Maret 2003, PNU mengalami perubahan menjadi PPNUI dengan tujuan untuk lulus dalam verifikasi guna berpartisipasi dalam Pemilihan Umum 2004.
Pemilihan Umum 1999
Pada Pemilihan Umum 1999, PNU berpartisipasi dengan nomor urut 25 dan berhasil memenangkan 679.179 suara, atau 0,6% dari total suara, dan juga 5 kursi (kursi tanpa tambahan kursi/SA) atau 3 kursi (kursi dengan tambahan kursi/SA) di Dewan Perwakilan Rakyat.[2]
Pemilihan Umum 2004
Pada tanggal 5 Maret 2003, PNU mengalami perubahan nama dan lambang untuk memenuhi persyaratan verifikasi guna berpartisipasi dalam Pemilihan Umum 2004, dan akhirnya menjadi versi sekarang dengan nomor urut 12. Berbeda dengan pemilihan sebelumnya, PPNUI tidak berhasil memenangkan kursi di Dewan Perwakilan Rakyat meskipun berhasil meraih 895.620 suara, atau 0,79% dari total suara, yang lebih dari 200.000 suara dibandingkan dengan penampilan mereka sebelumnya.[3]
Pemilihan Umum 2009
Setelah adanya perselisihan hukum melibatkan empat partai politik, termasuk PPNUI, yang pada awalnya ditolak berpartisipasi dalam Pemilihan Umum 2009 oleh KPU, KPU telah menerima keputusan pengadilan dan mengalah, sehingga memungkinkan partisipasi dari keempat partai tersebut: Partai Buruh, Partai Sarikat Indonesia (PSI), Partai Merdeka, dan Partai Persatuan Nahdlatul Ummah Indonesia (PPNUI).[4]
Pada Pemilihan Umum 2009, dengan nomor urut 42, PPNUI tampil paling buruk di antara semua pemilihan umum yang pernah mereka ikuti, hanya berhasil meraih 146.779 suara, atau 0,14% dari total suara, tanpa mendapatkan satu kursi pun di Dewan Perwakilan Rakyat.[5]
