The Bourne Supremacy melanjutkan kisah dari Jason Bourne, mantan pembunuhCIA yang menderita amnesia psikogenik.[3] Bourne diperankan oleh Matt Damon. Film ini berfokus pada upaya untuk mempelajari lebih lanjut tentang masa lalunya karena ia sekali lagi dikonspirasikan oleh CIA dan Operasi Treadstone. Film ini juga dibintangi oleh Brian Cox sebagai Ward Abbott, Joan Allen sebagai Pamela Landy dan Julia Stiles sebagai Nicky Parsons.