Islam dalam Konteks Ke-Indonesia-an: Beberapa Soal yang Segera Dirumuskan, dalam Masykuri Abdillah. Formalisasi Syariat Islam di Indonesia: Sebuah Pergulatan Yang Tak Pernah Tuntas.[28]
Metodologi (Manhaj) Tarjih Muhammadiyah: Kritik dan Rekonstruksi.[29]
Hidup Penuh Berkah melalui Ibadah yang Paling Mudah (Aisarul Ibadah).[37]
Aktualisasi Nilai-nilai Qur’an dalam Sistem Pendidikan Islam.[38]
Fiqih Kehidupan antar Agama: Menata Masyarakat Berbasis Multikultural dalam Masa Depan Bangsa dan Radikalisme Agama.[39]
Aktualisasi Nilai-nilai Qur’an dalam Sistem Pendidikan Islam.[38]
Metode dan Strategi Al-Qur'an dalam Amar Ma'ruf Nahi Munkar.[40]
Kontroversi
Penggalian di komplek Prasasti Batutulis
Pada awal Agustus 2002, ia menyuruh orang melakukan penggalian di komplek prasasti Batutulis. Ia meyakini berdasarkan petunjuk dalam mimpi, bahwa di bawah prasasti tersebut tersimpan harta karun peninggalan zaman Prabu Siliwangi yang dapat digunakan untuk membayar seluruh hutang negara sebesar hampir Rp 1.500 triliun peninggalan Orde Baru. Protes dari kalangan arkeologi tidak ditanggapi. Setelah dilakukan penggalian selama dua minggu dibawah pengawasan Agil, penggalian dihentikan dan hanya menghasilkan jejak galian tanah sepanjang 5 m, lebar 1 m, dan kedalaman 2 m tanpa emas. Setelah berita penggalian itu menyebar, demonstrasi dan kecaman datang dari masyarakat luas dan menghendaki Agil untuk mengundurkan diri dari posisi menteri. Namun, Agil tetap bertahan pada posisinya hingga berakhir masa tugasnya.
Kasus Penyelewengan Dana Haji
Pada 7 Februari 2006, ia divonis hukuman 5 tahun penjara oleh Pengadilan Negeri Jakarta Pusat dan hanya menjalani satu tahun masa tahanan. Akibat menanggung jawabi terselewengkannya anggaran Badan Pengelola Ibadah Haji (BPIH) dan Dana Abadi Umat (DAU) dari APBN Kementrian Agama Republik Indonesia sejak tahun 2002-2004, berdasarkan bukti dokumen-dokumen kebijakan kementrian yang terdapat tanda tangan dirinya selama menjabat. Penyelewengan/kelalaian BPIH Munawar mencapai Rp 35,7 miliar, sedangkan DAU yang terselewengkan berjumlah Rp 240,22 miliar.[41]
^Widyastri, S., Nata, A., Al Munawar, S. A. H., & Suparto, S. (2022). Transmission of Al-Qur'an Learning in Saudi Arabia and Indonesia. International Journal of Islamic Thought and Humanities, 1(2), 117-131.
^Al Munawar, S. A. H. (1996). Perkembangan Ilmu Pengetahuan Dan Teknologi Serta Rekayasa Teknik Genetika Dalam Perspektif Islam. Tarjih: Jurnal Tarjih dan Pengembangan Pemikiran Islam, 1(1), 54-62.
^ abSyahril, S., Al Munawar, S. A. H., & Alwizar, A. (2022). Pendidikan Ibadah dalam Perseptif Al-Quran. Jurnal An-Nur, 11(1), 51-60.
^Al Munawar, S. A. H., Hariyadi, M., & Nuha, M. U. (2022). TARJIH PENAFSIRAN HURUF MUQATTHA’AH Al-QUR’AN PERSPEKTIF INTERTEKSTUALITAS. Al Amin: Jurnal Kajian Ilmu dan Budaya Islam, 5(02), 178-195.
^Al Munawar, S. A. H., & Widayati, R. (2022). Konsep Kebebasan Beragama dalam Al-Qur’an (Studi Komparasi Penafsiran Imam Al-Qurthubi dan Wahbah al-Zuhaili).
^Armadis, A., Al Munawar, S. A. H., & Alwizar, A. (2022). Pendidikan Ibadah Shalat Anak Usia Dini Menurut Al-Qur’an di Era Modern. At-Tajdid: Journal of Islamic Studies, 2(3), 99-108.
^Al-Munawar, S. A. H., & Suma, M. A. Adopsi al-‘urf dalam fatwa dewan syariah nasional majelis ulama indonesia bidang perbankan syariah.
^Erizon, E., Al Munawar, S. A. H., & Alwizar, A. Nilai-nilai Pendidikan dalam Shalat: Studi Teks dalam Tafsir Al-Misbah. At-Tajdid: Journal of Islamic Studies, 2(2), 75-85.
^al-Munawar, S. A. H. TA’ZIR DALAM PENEGAKAN QANUN NO. 14 Tahun 2003 TENTANG KHALWAT (Master's thesis, Cinta Buku Media).
^Al-Munawar, S. A. H., & Ya'qub, A. M. (2002). Muwaththa’Malik Bin Anas dan Karakteristiknya Sebagai Kitab Hadits Abad Kedua Hijrah.
^Al-Munawar, S. A. H., & Kamil, S. Sakralisasi vis-a-vis Desakralisasi Hukum Keluarga Islam di Indonesia.
^Al Munawar, S. A. H. (1994). Pelaksanaan Arbitrase di Dunia Islam, Dalam Arbitrase Islam di Indonesia. Jakarta: BAMUI & BMI.
^Al Munawar, S. A. H. (2004). Membangun Metodologi Ushul Fiqh: Telaah Konsep Al-Nadb dan Al-Karahah Dalam Istimbath Hukum Islam.
^ abAl-Munawar, S. A. H. (2010). Problematika Hukum Keluarga Islam Kontemporer.
^Al Munawar, S. A. H. (1994). Pelaksanaan Arbitrase di Dunia Islam, Dalam Arbitrase Islam di Indonesia, BAMUI & BMI.
^Al-Munawar, S. A. H. Pemikiran al-Zamakhsyari dalam hukum islam (Telaah terhadap penafsiran ayat-ayat ahkam dalam tafsir al-Kasysyaf).
^Al-Munawar, S. A. H. (2005). Actualization of Qur'anic Values in the Islamic Education System.
^Al Munawar, S. A. H. (2005). Fikih Hubungan Antar Agama, Ciputat: PT.
^Al-Munawar, S. A. H. (2014). Membangun Metodologi Ushul Fiqh. Jakarta: PT.
^Al-Munawar, S. A. H. (2005). Fikih Hubungan Antar Agama (Cet. III).
^Al Munawar, S. A. H. (2001). Islam humanis: Islam dan persoalan kepemimpinan, pluralitas, lingkungan hidup, supremasi hukum, dan masyarakat marginal. Moyo Segoro Agung.
^al-Munawar, S. A. H. (1996). Perkembangan Ilmu Pengetahuan dan Teknologi Serta Rekayasa Teknik Genetika Dalam PerspektifHukum Islam. Tarjikh, edisi ke I.
^Munawar, S. A. H. A. (2004). Hukum Islam & Pluralitas Sosial. Edited by Musyafa’Ullah Hasan M. Noer. 1st ed. Jakarta: Penamadani.
^Al Munawar, S. A. H., & Hasyim, S. (1999). Kepemimpinan perempuan dalam Islam. JPPR.
^Al-Munawar, S. A. H. (2006). Pola Pengelolaan dan Pengembangan Wakaf dalam Rangka Membangun Kesejahteraan Mayarakat. Sambutan Menteri Agama RI), dalam Mustafa E. Nasution dan Uswatun Hasanah (eds). Wakaf Tunai Inovasi Finansial Islam.
^Al-Munawar, S. A. H. Islah: Kajian Hukum Islam dan Hukum Positif” dalam. Hukum Islam dan Pluralitas Sosial.
^Al-Munawar, S. A. H. (2005). Alquran Membangun Tradisi Kesolehan.
^Al-Munawar, S. A. H. Islam dalam Konteks Ke-Indonesia-an: Beberapa Soal Yang Segera Dirumuskan, dalam Masykuri Abdillah. Formalisasi Syariat Islam di Indonesia: Sebuah Pergulatan Yang Tak Pernah Tuntas.
^Al-Munawar, S. A. H. (2000). Metodologi (Manhaj) Tarjih Muhammadiyah: Kritik dan Rekonstruksi. Munas Tarjih XXIV, Universitas Muhammadiyah Malang, Malang.
^Al Munawar, S. A. H. Pendidikan Berbasis Masyarakat Memudar. Media Indonesia.
^Al-Munawar, S. A. H. (2005). Islam dalam Perspektif Sosio Kultural, cet.
^Husin Al-Munawar, S. A. Alquran membangun Tradisi Kesalihan Hakiki.
^al-Munawar, S. A. H. (2001). KONSEP KEPEMIMPINAN MENURUT AL-QUR'AN. Islam humanis: Islam dan persoalan kepemimpinan, pluralitas, lingkungan hidup, supremasi hukum, dan masyarakat marginal, 1.
^Al-Munawar, S. A. H. Al-Asybah wa al-nazair perbandingan kaidah fikih karya Jalal al-din al-Suyuti dan Ibn Nujaim al-Hanafi.
^Al-Munawar, S. A. H. Corak pemahaman fiqh Islam al-Razi (studi penafsiran ayat-ayat hukum dalam tafsir al-Kabir.
^Al-Munawar, S. A. H. Konsep illat dalam qiyas menurut al-Ghazali.
^Said Aqil Husin Al Munawar. (2001). Hidup penuh berkah melalui ibadah yang paling mudah (aisarul ibadah). Diterbitkan atas kerjasama Penerbit IIMaN dengan Penerbit Hikmah.
^ abAl-Munawar, H., & Agil, S. (2005). Aktualisasi Nilai-Nilai Qur’an dalam Sistem Pendidikan Islam, edt.
^Agil, S. M. H. A. M., & al-Munawar, M. H. (2006). Fiqih Kehidupan antar Agama Menata Masyarakat Berbasis Multikultural, dalam Masa Depan Bangsa dan Radikalisme Agama.
^Al-Munawar, S. A. H., & Fitriana, M. A. (2020). Metode Dan Strategi Al-Qur'an Dalam Amar Ma'ruf Nahi Munkar (Studi Analisis Tafsir As-Sa'di).