Awalnya, stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api dengan jalur 1 yang lama merupakan sepur lurus.[4] Sejak beroperasinya jalur ganda di segmen Kutoarjo–Yogyakarta pada tahun 2006-2007, jumlah jalurnya bertambah menjadi empat dengan jalur 1 yang lama diubah menjadi jalur 2 yang baru sebagai sepur lurus untuk arah Yogyakarta saja, jalur 2 yang lama diubah menjadi jalur 3 yang baru sebagai sepur lurus baru untuk arah Kutoarjo, dan jalur 3 yang lama diubah menjadi jalur 4. Selain itu, stasiun ini kini menggunakan bangunan baru yang dibangun oleh Direktorat Jenderal Perkeretaapian; bangunan lama stasiun ini yang merupakan peninggalan DKA (atau Staatsspoorwegen?) terkena dampak pembangunan jalur 1 yang baru sehingga harus dirobohkan.[5][6]
Stasiun ini dikelilingi oleh hamparan sawah dipadu dengan jajaran pegunungan. Setelah pembangunan jalur ganda tersebut, arsitektur bangunan utama stasiun tersebut diubah menjadi gaya modern dengan desain yang sama dengan Stasiun Patukan. Stasiun ini menjadi andalan masyarakat Kecamatan Purwodadi dan sekitarnya yang berkeinginan naik kereta api.
Saat ini, Stasiun Jenar telah selesai menjalani serangkaian perombakan. Atap overcapping telah selesai dipasang di peron stasiun agar penumpang tidak kepanasan ataupun kehujanan saat menunggu datangnya kereta api. Pemasangan atap peron ini juga sudah dilakukan di Stasiun Wates.[7]
^Susanti, D.M. (Januari 2008). Kajian atas Pengelolaan Pengetahuan dalam Pengoperasian Teknologi Persinyalan Kereta Api (Studi Kasus Daop 2 Bandung) (Tesis S2). Program Magister Studi Pembangunan, Sekolah Arsitektur, Pengembangan, dan Perencanaan Kebijakan, Institut Teknologi Bandung.
^Lampiran Surat Keputusan Direktur Jenderal Perkeretaapian No. SK.02/DJKA/K.2/01/06