3 (satu peron sisi yang agak tinggi, satu peron pulau yang agak tinggi, dan satu peron sisi yang tinggi; tidak ada peron pulau di antara jalur 1 dan 2)
Bagi pecinta dunia fotografi kereta api, titik pemotretan (spot) yang terletak di stasiun ini menyajikan spot terbang (high angle) karena jalur kereta api yang melewati stasiun ini diapit oleh dua buah bukit sedang.
Bangunan dan tata letak
Stasiun ini memiliki tiga jalur kereta api. Awalnya, jalur 1 merupakan sepur lurus.[5] Sejak beroperasinya jalur ganda di segmen Kutoarjo–Yogyakarta pada tahun 2006-2007, jalur 1 hanya dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Yogyakarta saja, sedangkan jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Kutoarjo.[6][7]
Terkait dengan operasional Bandar Udara Internasional Yogyakarta dan kereta api Bandara YIA dari Yogyakarta menuju stasiun ini maupun sebaliknya, per April 2019 stasiun ini mulai melayani penumpang antarmoda. Di stasiun ini, penumpang yang hendak menuju ke YIA transit menggunakan shuttle bus yang disediakan untuk menunjang pergerakan penumpang dari dan menuju bandara. Bangunan stasiun ini direnovasi, antara lain dengan menambah peron tinggi berkanopi di jalur 3 dan area penyeberangan antarperon untuk penumpang (crossing) di sisi tenggara stasiun.[8][9][10] Namun, mulai 1 September 2021, seiring dengan pengoperasian Stasiun Bandara Internasional Yogyakarta, rute pelayanan kereta api bandara dialihkan ke stasiun bandara tersebut.
^Susanti, D.M. (Januari 2008). Kajian atas Pengelolaan Pengetahuan dalam Pengoperasian Teknologi Persinyalan Kereta Api (Studi Kasus Daop 2 Bandung) (Tesis S2). Program Magister Studi Pembangunan, Sekolah Arsitektur, Pengembangan, dan Perencanaan Kebijakan, Institut Teknologi Bandung.