Setelah kematian Stefanus pada 26 April757, ia terpilih sebagai pengganti oleh mereka yang menginginkan agar kebijakan-kebijakan Paus yang lalu terus berkelanjutan. Kepemimpinan Paus yang baru banyak didominasi oleh hubungannya dengan raja-raja Franka (Jerman Barat) dan Langobardi serta dengan Kaisar Romawi Timur. Ia memakai nada yang independen ketika memberitakan pengangkatannya sebagai paus kepada Eksarka di Ravenna, tetapi menyurati Pippin Pendek bahwa persekutuan dengan Franka harus terus dipelihara tanpa terganggu. Ia terpaksa melakukan hal ini mengingat sikap raja Langobardi, Desiderius. Desiderius sebelumnya mengambil paksa kota-kota Imola, Osimo, Bologna, dan Ancona, yang diklaim sebagai milik Roma, serta pada tahun 758 menahan para bangsawan Spoleto dan Benevento.
Pada tahun yang sama, ia mengunjungi Roma dan memaksa Paulus menyurati Raja Pippin memintanya mengembalikan semua pendudukan Langobardi kecuali Imola; sebuah surat yang persis kebalikannya dikirimkan oleh kurir yang sama. Pippin menemukan bahwa lebih baik memelihara hubungan yang baik dengan Desiderius, dan Paulus tidak mendapatkan apa-apa dari persetujuan-gandanya itu. Namun, belakangan Pippin memberikan sang Paus sedikit dukungan dan berperan sebagai pihak tengah antara klaim Gereja Roma dan Langobardi.
Pada tahun 765, hak istimewa kepausan dipulihkan pada wilayah Beneventine dan Tuskan serta sebagian wilayah Spoleto. Sementara itu, pengasingan dari Bizantium semakin membesar. Beberapa kali, khususnya pada 759, Paulus mengkhawatirkan bahwa kaisar Yunani akan memerangi Roma; dan ia hidup dalam kekhawatiran terus menerus kalau-kalau Bizantin akan memengaruhi Pippin untuk lebih mendukung Langobardi. Memang usaha ini betul-betul dilakukan, tetapi Pippin bersikukuh pada kebijakan semula Italianya.
