Yohanes IX mengkonfirmasi keputusan pendahulunya Paus Teodorus II (897) untuk memberikan pemakaman secara Kristen bagi Paus Formosus (891-896). Ia juga dalam sebuah konsili di Ravenna mengeluarkan dekret yang menyatakan bahwa seluruh catatan dari Konsili Caldera (yang telah menghukum Formosus) harus dibakar.
Namun, anehnya hal itu tidak menyebabkan keretakan antara kekaisaran dan kepausan. Yohanes IX memberikan dukungan tanpa ragu-ragu bagi Lambert dari Spoleto (yang menghasut pengadilan atas Formosus) ketimbang Arnulf dari Kärnten, dan meyakinkan konsili untuk memutuskan bahwa mulai saat itu, pentahbisan dari para Paus harus dilakukan di dalam kehadiran perwakilan dari kekaisaran. Kematian Lambert yang tiba-tiba menghancurkan harapan akan kekokohan aliansi ini.
