Politeknik Pertanian Negeri Samarinda pada awalnya disebut Politeknik Pertanian Universitas Mulawarman Bidang Studi Kehutanan. Didirikan secara resmi pada tanggal 6 Pebruari 1989 oleh Gubernur Kepala Daerah Tingkat I Kalimantan Timur Bpk. Suwandi bersama-sama dengan Rektor Universitas Mulawarman Bpk. Yunus Rasyid. Kemudian dilanjutkan dengan peresmian Kampus Politeknik Pertanian Universitas Mulawarman oleh menteri Pendidikan dan Kebudayaan Indonesia Bpk. Fuad Hasan pada tanggal 19 September 1991.
Dalam rangka menuju kemandirian, Politeknik Pertanian Negeri Samarinda dengan sebutan Poliagro merupakan nama baru yang dipakai sebagai pengganti nama sebelumnya yaitu Politeknik Pertanian Universitas Mulawarman (Politani Unmul). Penggantian nama dilakukan sebagai syarat kemandirian yang disyahkan dengan SK. MENPEN No. B-703/I/1995 tanggal 30 Juni 1995. Pada saat berdirinya Politeknik Pertanian Negeri Samarinda ini hanya memiliki 2 Jurusan/Program Studi Ahli Madya yakni Jurusan/Program Studi Pengelolaan Hutan dan Jurusan/Program Studi Pengolahan Hasil Hutan dengan jenjang pendidikan Program Diploma III (D-III) selama tiga tahun atau enam semester.
Untuk mengantisipasi era globalisasi serta tuntutan masyarakat dimana diperkirakan sektor perkebunan akan menjadi primadona, maka mulai tahun akademik 2000/2001 Politeknik pertanian Negeri Samarinda dibuka Program Studi Budidaya Tanaman Perkebunan (BTP) yang berada di bawah Jurusan Pengelolaan Hutan dan pada tahun 2004/2005 dibuka Program Studi Teknologi Pengolahan Hasil Perkebunan (TPHP) yang berada di bawah Jurusan Pengolahan Hasil Hutan.
Tahun akademik 2009/2010 Politeknik Pertanian Negeri Samarinda kembali membuka 2 Program Studi baru di bawah Jurusan Pengelolaan Hutan yakni Program Studi Geoinformatika dan Program Studi Manajemen Lingkungan, sebagai pengembangan dari program-program yang sudah ada dan tuntutan masyarakat serta dalam rangka memenuhi tuntutan pembangunan yang terus berkembang dan perlu diiringi dengan upaya pengolahan lingkungan oleh sumberdaya manusia yang memadai dibidangnya agar pembangunan tersebut dapat dilaksanakan secara berkelanjutan.
Tahun 2010 terjadi perubahan nama pada 2 Jurusan yang sudah ada yakni dimana Jurusan Pengelolaan Hutan berubah menjadi Jurusan Manajemen Pertanian dan Jurusan Pengolahan Hutan berubah menjadi Jurusan Teknologi Pertanian. Dengan semakin berkembangnya teknogi dan memenuhi kebutuhan tenaga kerja yang semakin trampil maka tahun akademik 2014/2015 Politeknik Pertanian Negeri Samarinda membuka 2 Program Studi Baru Program Sarjana Terapan yaitu Program Studi Pengelolaan Perkebunan dan Program Studi Teknologi Rekayasa Perangkat Lunak dan tahun akademik 2018/2019 membuka 1 Program Studi Baru Yaitu Rekaya Kayu dengan jenjang Program Diploma IV (D-IV). Secara keseluruhan mulai dari berdiri pada tahun 1989 sampai tahun 2018 Politeknik Pertanian Negeri Samarinda sudah menyelenggarakan Program Sarjana Terapan dan Ahli Madya dengan 2 Jurusan dan 9 Program Studi dan sekarang lebih dikenal dengan nama POLITANI Samarinda yakni
